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La primitiva citazione della chiesa è risalente ad un documento del 30 gennaio 1258 e tale edificio fu quasi da subito aggregato alla chiesa plebana omonima di Nervi; l'aggregazione durò fino al 1530 quando per decreto apostolico fu unita alla chiesa della Natività di Maria Santissima di Bogliasco nel Golfo Paradiso.
L'unione durò per pochi anni poiché il domenicano Marco Cattaneo, arcivescovo titolare della diocesi di Rodi (Grecia), smembrò il 4 luglio del 1553 le due comunità e la chiesa di Viganego fu nuovamente sottoposta alla pieve di Nervi.
Sarà il cardinale e arcivescovo di Genova Stefano Durazzo che nel 1645 aggregò Viganego al Vicariato di Bargagli e in seguito al Vicariato di Rosso (Davagna) dal 15 luglio 1858 su decisione del cardinale Placido Maria Tadini; oggi la comunità parrocchiale fa parte del Vicariato Medio-Alto Bisagno.